第一集中，變異人在X教授的指揮下，將邪惡的萬磁王打入冷宮，但是依然得不到社會(huì)的承認(rèn)。在一次政治要人遭到暗殺后，所有的矛頭又一次指向變異人。這一次，X教授也感到壓力大增，以致于跟美國(guó)總統(tǒng)都要就此事進(jìn)行磋商。一個(gè)擁有很高聲譽(yù)的前將軍，率領(lǐng)著反對(duì)變異人的聯(lián)盟連續(xù)對(duì)x教授施壓。萬磁王在這種情況下，不得不尋找與X教授聯(lián)手抵抗前將軍的方式。金鋼狼的身世也將在本集中進(jìn)一步揭開。
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